Het Burgerweeshuis was “een stichting der stad”. Wat het weeshuis behoefde moest de stad dus betalen (J. Ter Gouw, 1885). In 1553 werd er wekelijks “met de schel” gecollecteerd voor het weeshuis (J.C. Breen, 1934); dit deed een belleman, gekleed in een halfrode/halfzwarte mantel (de kleuren van de weeskleding) (Van Gelder, 1983). Ook werd er in de Nieuwe Kerk in de vóór- en namiddagpreek voor de stichting gecollecteerd (J.C. Breen, 1934). Een andere inkomstenbron was de schouwburg, dat in bezit was van de Regenten van het Burgerweeshuis en de oprichters van de oudemannen- en oudevrouwenhuizen. Van de opbrengsten kwam 2/3e ten goede aan het weeshuis en 1/3e aan de oudemannen- en oudevrouwenhuizen (J.C. Breen, 1934).

Echter deze verscheidene inkomstenbronnen inkomstenbronnen konden niet voorkomen dat het Weeshuis af en toe in geldnood lijkt te zijn gekomen. Hagoort wijst op verschillende resoluties uit de vroedschappen waaruit blijkt dat er sprake was van een niet nader verklaarde noodlijdendheid, welke waarschijnlijk duidde op voedselschaarste ten gevolge van financiële tekorten (L. Hagoort, 1994).